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MySQL 5.6 リファレンスマニュアル
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17.4.1.18 レプリケーションと REPAIR TABLE

破損または損傷したテーブルで使用されるとき、REPAIR TABLE ステートメントはリカバリできない行を削除できます。ただし、このステートメントによって実行されたテーブルデータのそのような変更は複製されないため、マスターとスレーブが同期を失う可能性があります。このため、マスター上のテーブルが損傷し、REPAIR TABLE を使用してそれを修復する場合は、REPAIR TABLE を使用する前にまずレプリケーションを停止し (まだ実行中の場合)、その後テーブルのマスターおよびスレーブコピーを比較して相違を手動で訂正する準備を整えてから、レプリケーションを再開するようにしてください。