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MySQL 8.0 リファレンスマニュアル
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B.3.6.1 ALTER TABLE での問題

ALTER TABLE を使用して文字セットまたは文字カラムの照合順序を変更するときに、重複キーエラーを受け取った場合、原因は新しいカラムの照合順序が同じ値に対して 2 つのキーをマップしたか、テーブルが破損していることです。 後者の場合は、そのテーブルに対して REPAIR TABLE を実行してください。 REPAIR TABLE は、MyISAMARCHIVE および CSV テーブルに対して機能します。

トランザクションテーブルに対して ALTER TABLE を使用したとき、または Windows を使用しているときに、LOCK TABLE が発行されていた場合、ALTER TABLE はテーブルをロック解除します。 これが行われるのは、InnoDB およびこれらのオペレーティングシステムは使用されているテーブルをドロップできないためです。