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MySQL 5.6 リファレンスマニュアル
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7.4.5.1 データベースのコピーの作成

shell> mysqldump db1 > dump.sql
shell> mysqladmin create db2
shell> mysql db2 < dump.sql

mysqldump コマンド行に --databases を使用すると、ダンプファイルに USE db1 が含まれ、それによって mysql コマンド行の db2 の指定の効果がオーバーライドされるため、使用しないでください。