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テーブルが満杯であるというエラーが発生した場合は、ディスクが満杯であるか、テーブルが最大サイズに達した可能性があります。MySQL データベースの事実上の最大テーブルサイズは、通常、MySQL の内部制限ではなくオペレーティングシステムのファイルサイズに関する制約によって判断します。セクションD.10.3「テーブルサイズの制限」を参照してください。
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Finally stumbled on the answer myself, it had to do with INNODB settings for the innodb_log_file_size and innodb_log_buffer_size
1) shutdown mysql
2) cd /var/lib/mysql
3) mkdir oldIblog
4) mv ib_logfile* oldIblog
5) edit /etc/my.cnf find the line innodb_log_file_size= and increase it to an appropriate value (I went to 1000MB as I am dealing with a very large dataset... 250million rows in one table). If you are not sure I suggest doubling the number every time you get a table is full error. I set innodb_log_buffer_size to 1/4 of the size of my log file and the problems went away.
Hope this helps others!