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MySQL 5.6 リファレンスマニュアル
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B.5.2.3 MySQL サーバーへの接続が失われました

このエラーメッセージには 3 つの原因が考えられます。

通常、これはネットワーク接続の問題を示しており、このエラーが頻繁に発生する場合は、ネットワークの状態を確認してください。エラーメッセージにクエリー中が含まれている場合、発生している問題はこれに該当する可能性があります。

クエリー中の状態は、1 つ以上のクエリーの一部として数百万件の行が送信されているときに発生することがあります。この問題が発生していることがわかった場合は、net_read_timeout をデフォルトの 30 秒から 60 秒またはデータ転送が完了するのに十分な時間に増やすことを試みてください。

まれに、クライアントがサーバーに初期接続を試みるときに発生することがあります。この場合、connect_timeout 値の設定が数秒であるときは、10 秒 (距離が非常に遠い場合、または低速な接続の場合はさらに長く) に増やすことによって、この問題を解決できることがあります。より一般的ではない原因によってこの問題が発生しているかどうかを判別するには、SHOW GLOBAL STATUS LIKE 'Aborted_connects' を使用します。これは、各初期接続の試行をサーバーが中止するたびに 1 が加算されます。エラーメッセージの一部として認証パケットを読み込んでいますが表示されることがあります。その場合も、必要となる解決策がこの方法であることを示しています。

前述の原因ではない場合は、一部のクライアントで発生することがある max_allowed_packet より大きい BLOB 値に関する問題が発生している可能性があります。ER_NET_PACKET_TOO_LARGE エラーが発生することがありますが、それは max_allowed_packet を増やす必要があることを示しています。