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MySQL 5.6 リファレンスマニュアル
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B.5.5.6 関連するテーブルからの行の削除

related_tableDELETE ステートメントの合計長が 1M バイト (max_allowed_packet システム変数のデフォルト値) より大きい場合は、小さく分割して複数の DELETE ステートメントを実行してください。related_column にインデックスが付けられている場合は、ステートメントごとに 100 から 1,000 の related_column 値のみを指定することによって、DELETE が最速になる可能性があります。related_column にインデックスが付けられていない場合、速度は IN 句の引数の数の影響を受けません。