mysqld 内で何が発生しているか確認したい場合には、--log[=file] オプションを使用して mysqld を起動します。これにより、すべての接続とクエリがログファイル（デフォルトは 'hostname'.log）に記録されます。このログは、クライアント側にエラーの原因があると考えられ、mysqld に対してクライアントが何を送信したのか調べるときに非常に役立ちます。

古いバージョン（MySQL 3.23.4 から 3.23.8）の mysql.server スクリプトは、safe_mysqld に、一般クエリログを有効化する --log オプションを渡します。実稼動環境で MySQL の起動時のパフォーマンスを向上させる必要がある場合には、--log オプションを mysql.server から削除するか、--log-bin に変更します。 See 項4.10.4. 「バイナリログ」。

このログのエントリは、mysqld がクエリを受けた時点で書き込まれます。これは、ステートメントが実行された順序とは異なる場合があります。また、更新ログおよびバイナリログとも対比的です。更新ログおよびバイナリログは、クエリが実行された後、ロックが解除される前に書き込まれます。