MySQL ではさまざまなインデックスをサポートしていますが、一般に使用されるのは ISAM または MyISAM です。これらは B ツリーインデックスを使用します。このインデックスファイルのサイズは、すべてのキーについて (キー長+4)/0.67 を計算し、それを合計することで大まかに算出できます（これは、すべてのキーがソートされた順に挿入され、かつキーが一切圧縮されないという、最悪のケースを想定しています）。

文字列インデックスでは空白が圧縮されます。インデックスの最初の部分が文字列の場合は、プリフィックスも圧縮されます。文字列カラムに含まれる後続の空白が長い場合、またはそのカラムが VARCHAR カラムであるためにその長さがフルに使用されることがない場合は、空白の圧縮によってインデックスファイルが上記の数値よりも小さくなります。プリフィックスの圧縮は、文字列で始まるキーで使用されます。同一のプリフィックスを持つ文字列が多数存在する場合は、プリフィックスの圧縮が役立ちます。

MyISAM テーブルでは、テーブル作成時に PACK_KEYS=1 を指定することで、数値のプリフィックスを圧縮することもできます。この機能は、数値が上位バイトから順に格納される場合に、同一のプリフィックスを持つ整数キーが多数あるときに役立ちます。