MySQL almacena la información de su diccionario de datos de tablas en ficheros .frm dentro del directorio de cada base de datos. Esto es así para todos los motores de almacenamiento de MySQL, pero cada tabla InnoDB también tiene su propia entrada en los diccionarios de datos internos de InnoDB dentro del espacio de tablas. Cuando MySQL elimina una tabla o una base de datos, también debe eliminar uno o más ficheros .frm, y las correspondientes entradas dentro del diccionario de datos de InnoDB. Esta es la razón por la cual no se pueden mover tablas entre bases de datos sencillamente moviendo los ficheros .frm.

Cada tabla InnoDB tiene un índice especial llamado índice agrupado (clustered index) donde se almacenan los datos de las filas. Si se define una PRIMARY KEY en una tabla, el índice de la clave primaria es el índice agrupado.

Si no se define una PRIMARY KEY para la tabla, MySQL toma como clave primaria el primer índice UNIQUE que tenga solamente columnas NOT NULL, al cual InnoDB utiliza como índice agrupado. Si no hay en la tabla un índice con esas características, InnoDB generará internamente un índice agrupado donde las filas estarán ordenadas por el identificador de fila (row ID) que InnoDB asigna a las columnas en tal tabla. El identificador de fila es un campo de 6 bytes que se incrementa automáticamente a medida que se agregan nuevas filas. Por lo tanto, las filas ordenadas por este identificador están en el orden físico de inserción.

El acceso a una fila a través del índice agrupado es rápido porque la fila de datos se encuentra en la misma página a donde el índice dirige su búsqueda. Si una tabla es grande, la arquitectura del índice agrupado a menudo ahorra operaciones de E/S en disco en comparación a la solución tradicional. (En muchos servidores de bases de datos, los datos se suelen almacenar en una página diferente que la entrada del índice).

En InnoDB, las entradas en índices no agrupados (también llamados índices secundarios) contienen el valor de clave primaria de la fila. InnoDB utiliza este valor de clave primaria para buscar la fila a partir del índice agrupado. Nótese que si la clave primaria es larga, los índices secundarios utilizan más espacio.

InnoDB compara las cadenas CHAR y VARCHAR de diferente longitud como si el espacio sobrante en cadena la más corta estuviera relleno con espacios.