Ante todo, un factor afecta a todas las sentencias: cuanto más compleja es la configuración de los permisos, mayor es la carga.

Usar permisos simples cuando se ejecuta una sentencia GRANT permite a MySQL reducir la carga en la verificación de permisos cuando los clientes ejecutan sentencias. Por ejemplo, si no se concede (grant) ningún privilegio a nivel de tabla o de columna, el servidor no necesita verificar nunca el contenido de las tablas tables_priv y columns_priv. Similarmente, si no se establece límites de recursos sobre ninguna cuenta, el servidor no tiene que realizar conteos de recursos. Cuando se tiene un alto volumen de consultas, puede valer la pena utilizar una estructura de permisos simplificada para reducir la carga de verificación de los mismos.

Si el problema es con una expresión o función específica de MySQL, se puede utilizar la función BENCHMARK() en el cliente mysql para realizar una prueba de velocidad. Su sintaxis es BENCHMARK(número_iteraciones,expresion). El valor devuelto siempre es cero, pero mysql muestra cuánto tardó en ejecutarse la sentencia. Por ejemplo:

mysql> SELECT BENCHMARK(1000000,1+1);
+------------------------+
| BENCHMARK(1000000,1+1) |
+------------------------+
|                      0 |
+------------------------+
1 row in set (0.32 sec)

Este resultado se obtuvo en un sistema Pentium II 400MHz. Muestra que MySQL puede ejecutar 1,000,000 de expresiones simples de suma en 0.32 segundo sobre ese sistema.

Todas las funciones de MySQL deberían estar altamente optimizadas, pero pueden existir algunas excepciones. BENCHMARK() es una excelente herramienta para determinar si alguna función es un problema en una consulta.