Se recomienda fuertemente que se establezca una contraseña para el usuario root del servidor MySQL. El asistente de configuración MySQL la solicita por defecto. Si no se desea establecer una contraseña, debe vaciarse la casilla al lado de la opción Modificar configuración de seguridad (Modify security settings) .

Para establecer la contraseña del usuario root, se debe introducir tanto en el cuadro de texto Nueva contraseña de root (New root password) como en Confirmar (Confirm) . Si se está reconfigurando un servidor existente, también será necesario introducir la contraseña en vigencia dentro del cuadro de texto Contraseña de root actual (Current root password) .

Para evitar que el usuario root inicie sesión desde cualquier punto de la red, debe marcarse la casilla al lado de la opción Root sólo puede conectarse en modo local (Root may only connect from localhost) . Esto fortalece la seguridad de la cuenta de root.

Para crear una cuenta de usuario anónimo, debe marcarse la casilla al lado de la opción Crear una cuenta de anónimo (Create An Anonymous Account) . No se recomienda crear un usuario anónimo porque puede disminuir la seguridad del servidor y ocasionar dificultades de inicio de sesión y de permisos.