Si se especifica que una columna de una tabla es AUTO_INCREMENT, la entrada para la tabla InnoDB en el diccionario de datos contiene un contador especial llamado "contador de auto incremento", que se utiliza para asignar nuevos valores a la columna. El contador de auto incremento se almacena sólo en la memoria principal, no en disco.

InnoDB utiliza el siguiente algoritmo para inicializar el contador de auto incremento para una tabla T que contiene una columna AUTO_INCREMENT llamada ai_col: Luego de iniciarse el servidor, cuando un usuario realiza por primera vez una inserción en una tabla T, InnoDB ejecuta el equivalente de esta sentencia:

SELECT MAX(ai_col) FROM T FOR UPDATE;

El valor retornado por la sentencia se incrementa en uno y se asigna a la columna, y al contador de auto incremento de la tabla. Si la tabla está vacía, se asigna el valor 1. Si el contador aún no se ha inicializado y se ejecuta una sentencia SHOW TABLE STATUS que muestre su salida para la tabla T, el contador se inicializa (pero no se incrementa) y se almacena para usos posteriores. Nótese que en esta inicialización se realiza una lectura normal con bloqueo exclusivo y el bloqueo permanece hasta el final de la transacción.

InnoDB sigue el mismo procedimiento para inicializar el contador de auto incremento de una tabla recientemente creada.

Nótese que si durante un INSERT el usuario especifica un valor NULL o 0 para una columna AUTO_INCREMENT, InnoDB trata a la columna como si no se hubiera especificado un valor y genera un nuevo valor para ella.

Luego de que el contador de auto incremento ha sido inicializado, si un usuario inserta una fila que explícitamente indica para la columna auto incremental un valor mayor que el valor actual del contador, éste se establece al valor actual de la columna. Si no se indica un valor, InnoDB incrementa el valor del contador en uno y lo asigna a la columna.

Al acceder al contador de auto incremento, InnoDB emplea un nivel de bloqueo de tabla especial AUTO-INC, que mantiene hasta el final de la sentencia SQL actual y no hasta el final de la transacción. Esta estrategia de bloqueo especial fue introducida para mejorar la concurrencia de inserciones en una tabla que contiene una columna AUTO_INCREMENT. Dos transacciones no pueden tener el bloqueo AUTO-INC simultáneamente en la misma tabla.

Nótese que pueden observarse valores faltantes en la secuencia de valores asignados a la columna AUTO_INCREMENT si se cancelan transacciones que ya han obtenido números desde el contador.

El comportamiento del mecanismo de auto incremento no se encuentra definido si un usuario asigna un valor negativo a la columna o si el valor se vuelve mayor que el entero más grande que puede almacenarse en el tipo de entero especificado.

A partir de MySQL 5.0.3, InnoDB soporta la opción AUTO_INCREMENT = n en sentencias CREATE TABLE y ALTER TABLE, para establecer inicialmente o modificar el valor actual del contador. El efecto de esta acción es cancelado al reiniciar el servidor, por las razones tratadas anteriormente en esta sección.